Los mapas genéticos que están ayudando a combatir el coronavirus en todo el mundo y transformando la forma en la que la ciencia trabaja

 Científicos de Singapur prueban kits de diagnóstico contra el coronavirus.
Reuters
  • La secuenciación genómica del coronavirus se está convirtiendo en la clave para combatir la crisis que ya ha infectado a más de 170.000 personas en todo el mundo.
  • Las biotecnológicas aprovechan la información para intentar desarrollar vacunas, mientras que los científicos de todo el mundo comparten los datos en plataformas abiertas. 
  • Nexstrain está ayudando a trazar mapas de propagación y un árbol genealógico genómico del virus que está ayudando a muchos investigadores en la lucha contra el COVID-19. 
  • Los datos disponibles siguen siendo insuficientes, y la comunidad científica hace un llamamiento para que se comparta toda la información en una base centralizada que pueda guiar medidas a partir de modelos basados en datos. 
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En enero, el mundo miraba con estupor como el brote de un desconocido virus ponía en jaque a China y se empezaba a propagar por el mundo. Antes incluso de que el nuevo coronavirus recibiera el nombre de COVID-19, los científicos chinos de un laboratorio de Shanghái compartieron con las plataformas científicas la secuencia del genoma del minúsculo enemigo que ya ha infectado a más de 170.000 personas en todo el mundo.  

A miles de kilómetros de distancia, en Massachusetts, una biotecnológica llevaba siguiendo las noticias de la enfermedad con atención y estaba preparada para ponerse a trabajar en una vacuna en cuanto recibieran la información del genoma. 

Semanas después, cuando no quedaba nadie que no supiera el nombre de COVID-19, Moderna anunció que los primeros lotes de una vacuna experimental estaban preparados para ser probados en humanos. Una pequeña e importante muestra de cómo la información genética y su rápida distribución por plataformas abiertas pueden ser lo que garantice el éxito en la lucha contra el coronavirus. 

La publicación de la secuencia también permitió que otros países empezaran a desarrollar sus propios kits de diagnóstico y a prepararse para cuando el coronavirus llegara a ellos. 

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Científicos de todo el mundo se han unido para secuenciar los virus de los pacientes en los países y publicarlos en bases abiertas para ser compartidas con toda la comunidad, como Artic Network o GISAID. Esto está permitiendo a los investigadores trazar mapas más precisos de la propagación del virus, no solo para encontrar una vacuna — algo que la OMS no ve posible a corto plazo — sino para mejorar las medidas de prevención y dirigir las políticas de salud pública que deben proteger a los ciudadanos. 

Uno de los proyectos más importantes que han surgido a raíz de esto es Nextstrain, que recopila todos los datos disponibles en GISAID, y realiza mapas que permiten ver, no solo por dónde se ha propagado el virus geográficamente, sino también su árbol genealógico a medida que ha ido mutando.

También permite conocer qué tipo de intervenciones son las que están ayudando a contener el virus y cuáles no están funcionando, según explica Science News.

Nexstrain

Así se pudo localizar el origen del brote en Brasil 

A finales de febrero, el coronavirus aterrizó en América Latina cuando el ministro de Salud de Brasil confirmó un caso en el país. Los investigadores pudieron usar los datos genéticos disponibles para descubrir que ese primer caso no estaba relacionado con el segundo que confirmó más tarde. 

Eso les permitió determinar que había varios orígenes en el brote en el país y aplicar las medidas de contención y aislamiento de forma más efectiva 

En concreto, los científicos usaron los datos disponibles en Artic Network, según explica el propio autor de la investigación, Nuno Faria, en su estudio

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La propagación en Seattle empezó mucho antes de lo que se pensaba 

Las bases de datos genómicos del coronavirus también han sido clave en la detección de la propagación en Seattle. El Seattle Flu Study fue el primero en detectar un caso de coroanavirus en un adolescente en la ciudad de Estados Unidos y compartieron la secuencia en GISAID. 

Poco después, los investigadores de Nextstrain, encontraron que esa cepa en particular era la descendiente directa del virus que infectó a un paciente no relacionado también de la zona de Seattle. Esa conexión reveló que el virus había estado propagándose por la ciudad un mes antes de lo que se creía. 

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A medida que se hace evidente la necesidad de más datos, la ciencia de todo el mundo une sus fuerzas para combatir el coronavirus

A pesar de los indudables avances que están suponiendo estas plataformas, la propia Nexstrain advierte de que la representatividad de sus datos es limitada. 

El mapa cuenta con datos de España desde el viernes pasado gracias al trabajo del Servicio de Secuenciación y Bioinformática y el grupo de investigación en Epidemiología Molecular de FISABIO, que ha secuenciado el genoma de los primeros pacientes en nuestro país, según informa la Agencia Sinc

Actualmente, Nexstrain cuenta con 512 genomas de pacientes de 33 países, pero el coronavirus está presente en más de 100, por lo que las autoridades sanitarias de más de 10 países han hecho un llamamiento para que los científicos de todo el mundo hagan públicos todos sus datos en PubMed, la base de investigaciones científicas más importante. 

Las principales revistas científicas se han unido desde el comienzo de la crisis  a esta iniciativa y publican gratis todo el contenido relacionado con el coronavirus. 

"En esta epidemia que se está desarrollando, el mundo necesita acciones guiadas por el consenso de los expertos y por modelos basados en datos", subraya un editorial de la revista Science, que insiste en la importancia de esta información para proteger mejor a la población mientras se desarrolla una cura. 

Lo que parece claro es que el brote de coronavirus ha transformado la manera en la que se comparte y se utiliza el conocimiento científico, y aunque hay que ayudar a prevenir que se tomen resultados apresurados de investigaciones que no ha dado tiempo a revisar, la revista Science asegura que la comunidad está beneficiándose de los cambios. 

"No está claro si estas colaboraciones científicas ayudarán a mitigar el impacto mundial de COVID-19. Pero muchos científicos acogen con agrado la forma en que el brote ya ha cambiado la forma en la que se comunican entre ellos", asegura. 

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